Η υπόθεση αποκαλύφτηκε όταν οι βιασμοί επαναλήφθηκαν λίγους μήνες μετά με θύμα το ίδιο ανήλικο αγόρι και τότε έγινε αναφορά στις εισαγγελικές αρχές.
Όλα ξεκίνησαν τον Μάρτιο του 2012. Τρόφιμος του Παπάφειου, ηλικίας μόλις 7,5 χρόνων τότε, τρομοκρατημένος απευθύνθηκε στην κοινωνική λειτουργό του ιδρύματος, υποστηρίζοντας ότι το προηγούμενο βράδυ μεγαλύτερος σε ηλικία τρόφιμος, συγκεκριμένα ένας 13χρονος, τον βίασε. Η επιστήμονας αμέσως ενημέρωσε τον διευθυντή και τη διοίκηση του Παπάφειου, για να ληφθούν τα απαραίτητα μέτρα, ειδικά όμως να ενημερωθούν οι αρμόδιες αρχές για την αντιμετώπιση του ζητήματος. Ωστόσο, όπως φαίνεται από τη δικογραφία που ήδη έχει σχηματιστεί και εκκρεμεί στην ανάκριση, πέραν της αρχικής αναφοράς από την επιστήμονα, κανείς δεν ενημέρωσε κανέναν. Το περιστατικό αντιμετωπίστηκε σαν να μην έγινε ποτέ και ο άτυχος 7χρονος έμεινε απροστάτευτος.
Η διεύθυνση του Παπάφειου το μόνο που έκανε, περίπου 15 ημέρες αργότερα, ήταν να στείλει έγγραφο στην εισαγγελία Καστοριάς, ζητώντας να απομακρυνθεί ο 13χρονος από το ίδρυμα, επειδή “παρουσιάζει αντικοινωνική συμπεριφορά”. Το έγγραφο στάλθηκε εκεί, επειδή η εντολή φιλοξενίας του ανήλικου στο Παπάφειο δόθηκε από τον εισαγγελέα Καστοριάς, με σχετική διάταξη.